轉口運輸階段（1979-1986年）

1979年臺灣海峽兩岸的貿易實現零的突破，隨後幾年有了較大發展，但由於兩岸不能直接通航，貿易貨物只能采取轉口的運輸方式，即貿易貨物先運抵第三地卸貨換船，再按第三地出口貨運抵對岸。

「兩岸三地」階段（1987-1997年）

1987年臺灣地區放寬有關限制，對兩岸航運政策進行調整，除班輪仍然在第三地轉口以外，運輸兩岸貿易貨物的外籍商船，在第三地「彎靠」辦理手續，不需在第三地再卸貨換船，原船直接駛向對岸目的港，這就是所謂的「兩岸三地」航線。1992年臺灣地區同意放開對班輪的限制，班輪也不再需要進行轉口，而以過境（彎靠）的方式直接行駛兩岸。

「試點直航」階段（1997-2001年）

1997年貨船可以在大陸的福州、廈門兩港與臺灣地區的高雄港「境外航運中心」之間進行定點直航，也稱「試點直航」。該航線所運送的貨物，只限於大陸外貿進出口貨物，不包括海峽兩岸之間的貿易貨物。「試點直航」是單向的，只能是廈門港和福州港的集裝箱貨物至高雄港中轉至外國港口，高雄港的集裝箱貨物不能到廈門港或福州港中轉。

「小三通」階段（2001-2008年）

2001年1月「小三通」路線開通。經批準的貨船可以在金門、馬祖和澎湖與廈門間進行小規模的貨運直航。

全面直航階段（2008年至今）

2008年，隨著《海峽兩岸海運協議》正式簽訂，兩岸資本并在兩岸登記的船舶，經許可可以從事兩岸間客貨直接運輸。這一協議的簽訂，標志著兩岸的通航實現了真正意義的直航。目前，大陸有59個、臺灣有12個港口已開通直航運輸。